著作权和商标权是知识产权领域两大重要的权利。由于这两个权利的客体有重合，而权利的取得方式、保护依据等的不同，在现实中经常由于主体的不一致造成权属纠纷、民事纠纷等情况。如三毛漫画作品的著作权与该漫画形象的商标权引起的民事诉讼和商标评审案件、武松打虎图案的著作权与商标权冲突引起的民事诉讼等。
著作权的客体是作品，即文学、艺术和科学领域内，具有独创性并能以某种有形形式复制的智力成果；商标权的客体是由文字、图形、字母、数字、三维标志、声音、颜色的组合，或上述要素的组合，具有显著特征的标志。因此，文学作品与文字商标，美术作品、图形作品等与图形商标、颜色商标，音乐作品与声音商标等，很容易造成客体的一致。根据《著作权法实施条例》第六条的规定：“著作权自作品创作之日起产生”；而我国商标专用权的取得依据注册原则为主，使用原则为补充的混合原则，即一般情况下，商标被核准注册即取得商标权，但排除抢注他人使用在先的知名商标等法定情况。因此，在商标局审查申请的商标是否应当被核准享有商标权时，对于该商标客体上的著作权等其他权利无法查询，也是造成标商标权和著作权冲突的重要原因。
在商标权和著作权发生纠纷时，应适用知识产权的保护在先原则，在实际操作中，还应当兼顾效益和公平。具体来说，根据《商标法》第九条的规定：“申请注册的商标，不得与他人在先取得的合法权利相冲突”，著作权法第四条也规定：“著作权人行使著作权，不得违反宪法和法律，不得损害公共利益”，当两者造成冲突时，应当保护在先形成的权利，排除后形成的权利。但由于著作权是自动产生的，作品的完成时间往往无法确定，依据在先原则显然难以解决冲突。这种情况下，就应当综合考虑两种权利的行使情况、客体的知名度、以及对公众利益的影响等因素。
在现实中，如何避免两种权利的冲突，在发生冲突时，又应当如何主张和保护自己的权利？首先，在权利形成时，应当通过登记、注册、发表等方式，确认权利形成的时间，以排除在后形成的权利。其次，在取得权利后，应当合法合理进行连续使用，维持权利的状态，以免因怠于行使或非法行使而丧失权利。
权利人在发现自己的商标权或著作权与他人的上述权利产生冲突时，首先应当根据相关法律规定，审查对方权利的合法性，如审查客体是否构成作品或商标，以及权利是否处于存续状态。在许多案例中，经常有权利人要求依著作权法保护其作品标题或者角色名称，书法或绘画的临摹者要求保护其临摹作品内容或自体的著作权等，在这种情况下，就应当依据《著作权法》对于作品的界定，审查这类标题或名称是否具备作品的独创性程度。公众所熟知的儿歌《娃哈哈》作者以著作权侵权为由，起诉杭州娃哈哈集团，上海市第二中级人民法院就以“作品名称不在著作权法保护之列”为由驳回了原告的诉讼请求。在确定了二者权利的存续状态和冲突事实后，权利人根据《商标法》和《著作权法》的相关规定，可通过异议、撤销等行政确权程序，否定他人的权利。如果他人行使权利的行为，构成著作权侵权或商标侵权，则权利人可依据法律的规定，对他人的侵权行为进行行政投诉或提起民事诉讼。
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